特色

國內第一個以生物資訊研究及應用開發為主的頂尖研究中心,創立目標以跨領域研究為主軸

沿革

  • 2002 – 生物資訊中心與生物資訊研究所同時成立(台灣首創)
  • 2011 – 第二期教育部頂尖計畫成立為院級中心

亮點

  • 培養國家與產業的生物資訊高階人才,近五年培育 90 位以上碩士以及 20 位以上博士
  • 生物資訊成果及論文全國第一亞洲領先, 被引用數超過30,000次
  • 成員超過 21 篇論文 SCI Highly Cited Paper(現有成員 12 篇)
  • 多項國科會國家型計畫及國衛院計畫
  • 中心及成員經費每年達超過  2500 萬

推動原則

  • 基礎研究與應用研究並重
  • 跨領域團隊建立
  • 深化國際研究合作
  • 創新創業人才培育

結構生物與藥物開發

朱智瑋
教授兼生資所長

實驗室網站

生物系統模擬、新藥發現、蛋白質構型動態

楊進木
特聘教授兼院長

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生物資訊、電腦輔助藥物設計、系統生物學

蕭育源
教授兼副院長

實驗室網站

結構生物學、分子生物學與大分子晶體學

尤禎祥
教授

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計算化學、物理化學

高雅婷
副教授

實驗室網站

生物物理化學、生物巨分子動態學、飛秒生物光譜

系統生物及精準醫藥

李宗夷
教授

實驗室網站

生物大數據與深度學習計算、腫瘤多體學與空間轉錄體
林峻宇
副教授

實驗室網站

網路生物學、計算腫瘤學、系統生物學

陳亭妏
副教授

實驗室網站

高通量資料分析、次世代定序資料分析

柯泰名
副教授

實驗室網站

免疫基因體學、藥物基因體學、個人化醫學
林勇欣
副教授

實驗室網站

分子演化,計算基因體學、計算結構生物學、譜系學

大數據與人工智慧

何信瑩
特聘教授

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人工智慧、生醫資訊、智慧醫療

陸志豪
副教授兼工程與生醫產業碩士班主任

實驗室網站

計算生物、結構生物資訊、機器學習、電腦輔助藥物設計

王雲銘
教授兼副院長

實驗室網站

生物無機、分子影像研究、磁振造影對比劑

拓展產學合作交流

陳文亮
特聘教授兼生科副系主任、產博主任

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蛋白質體學、免疫化學、免疫檢測、抗體工程

鄒協成
副教授

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免疫學、自體免疫疾病、細胞分子醫學

黃兆祺
特聘教授兼分醫所所長

實驗室網站

神經生物、細胞生物、細胞骨架、功能性蛋白質體

重點方向:動態系統生物與精準醫療

四大主軸

  • 大數據與人工智慧
  • 結構生物與藥物開發
  • 系統生物與精準醫藥
  • 推展產學與社會貢獻

結構生物

  1. Huang, K. W.; Liu, T. C.; Liang, R. Y.; Chu, L. Y.; Cheng, H. L.; Chu, J. W.; Hsiao, Y. Y.* Structural basis for overhang excision and terminal unwinding of DNA duplexes by TREX1. PLoS Biol 2018, 16, e2005653. PLoS Biol 2018, 16, e2005653.
  2. Morrell, T. E., Rafalska-Metcalf, I. U., Yang, H., & Chu, J. W. (2018). Compound Molecular Logic in Accessing the Active Site of Mycobacterium tuberculosis Protein Tyrosine Phosphatase B. Journal of the American Chemical Society, 140(44), 14747-14752.

系統生物資訊

  1. Lin, C. Y., Lee, C. H., Chuang, Y. H., Lee, J. Y., Chiu, Y. Y., Lee, Y. H. W., Jong, Y. J., Hwang, J. K., Huang, S. H., Chen, L. C., Wu, C. H., Tu, S. H., Ho, Y. S., Yang, J. M.* (2019) Membrane protein-regulated networks across human cancers, Nature Communications, 10(1):3131.
  2. Kai-Yao Huang†, Tzong-Yi Lee*† († joint first authorship), Hui-Ju Kao, Chen-Tse Ma, Chao-Chun Lee, Tsai-Hsuan Lin, Wen-Chi Chang, Hsien-Da Huang*, 2019 Jan 8, “dbPTM in 2019: exploring disease association and cross-talk of post-translational modifications”, Nucleic Acids Research, Vol. 47(D1): D298-D308. (SCI, IF: 14.9; Ranking: 10/285=3.5% in BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY)
  3. Chi-Nga Chow†, Tzong-Yi Lee† († joint first authorship), Yu-Cheng Hung, Guan-Zhen Li, Kuan-Chieh Tseng, Ya-Hsin Liu, Po-Li Kuo, Han-Qin Zheng, Wen-Chi Chang*, 2019 Jan 8, “PlantPAN3.0: a new and updated resource for reconstructing transcriptional regulatory networks from ChIP-seq experiments in plants”, Nucleic Acids Research, Vol. 47(D1): D1155-D1163. (SCI, IF: 14.9; Ranking: 10/285=3.5% in BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY) (ESI Highly Cited Paper)
  4. Hsi-Yuan Huang, Yang-Chi-Dung Lin, Jing Li, Kai-Yao Huang, Sirjana Shrestha, Hsiao-Chin Hong, Yun Tang, Yi-Gang Chen, Chen-Nan Jin, Yuan Yu, Jia-Tong Xu, Yue-Ming Li, Xiao-Xuan Cai, Zhen-Yu Zhou, Xiao-Hang Chen, Yuan-Yuan Pei, Liang Hu, Jin-Jiang Su, Shi-Dong Cui, Fei Wang, Yue-Yang Xie, Si-Yuan Ding, Meng-Fan Luo, Chih-Hung Chou, Nai-Wen Chang, Kai-Wen Chen, Yu-Hsiang Cheng, Xin-Hong Wan, Wen-Lian Hsu, Tzong-Yi Lee*, Feng-Xiang Wei*, Hsien-Da Huang*, 2020 Jan 15, “miRTarBase 2020: updates to the experimentally validated microRNA–target interaction database”, Nucleic Acids Research, Vol. 48 (D1), D148-D154. (SCI, IF: 14.9; Ranking: 10/285=3.5% in BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY) (ESI Highly Cited Paper)

藥物開發

  1. Jhih-Hua Jhong, Yu-Hsiang Chi, Wen-Chi Li, Tsai-Hsuan Lin, Kai-Yao Huang, Tzong-Yi Lee*, 2019 Jan 8, “dbAMP: an integrated resource for exploring antimicrobial peptides with functional activities and physicochemical properties on transcriptome and proteome data”, Nucleic Acids Research, Vol. 47(D1): D285-D297. (SCI, IF: 14.9; Ranking: 10/285=3.5% in BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY)

精準醫學

  1. Yuxuan Pang, Zhuo Wang, Jhih-Hua Jhong, Tzong-Yi Lee*, 2021 March, “Identifying anti-coronavirus peptides by incorporating different negative datasets and imbalanced learning strategies”, Briefings in Bioinformatics, 22 (2), 1085-1095. (IF: 9.5; Ranking: 3/77=3.9%, BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS)

跨領域:生物、醫學、資訊

  1. Chen, H. H.#, Hsueh, C. W.#, Lee, C. H.#, Hao, T. Y.#, Tu, T. Y., Chang, L. Y., Lee, J. C., Lin, C. Y.* (2023) SWEET: a single-sample network inference method for deciphering individual features in disease, Briefings in Bioinformatics, 24(2), bbad032. (IF: 9.5; Ranking: 3/77=3.9%, BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS)
  2. Chung, C. H., Lin, C. Y., Chen, C. Y., Hsueh, C. W., Chang, Y. W., Wang, C. C., Chu, P. Y., Tai, S. K., Yang, M. H.* (2023) Ferroptosis signature shapes the immune profiles to enhance the response to immune checkpoint inhibitors in head and neck cancer. Advanced Science, 10(15):e2204514. (IF: 15.1; Rank: 24/342=7.0%, MATERIALS SCIENCE, MULTIDISCIPLINARY)

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